Automatisch werden die Tabellen nicht gelöscht, viele Add-ons räumen die Tabellen aber weg. Der Programmierer hätte dazu abe reinen Code einfügen müssen. Oft ist es aber auch bewusst so weil man gerade während der Entwicklung ein Package manchmal öfters installiert und dabei die Daten behalten möchte. Es wäre denkbar ein Script zu schreiben, das alle db.xml prüft und schaut welche Tabellen in keinem XML waren und diese dann löscht. Persönlich ist mir das aber zuviel Aufwand verglichen mit einem kleinen Benefit. Die Informationen wären aber vorhanden. Ansonsten kannst du unbenutzte Tabellen eigentlich problemlos löschen. Sobald der PHP Code dazu fehlt, ist es sehr unwahrscheinlich, dass du da noch eine Abhängigkeit hast!